保护性杀菌剂 其主要作用方式是施药后在植物表面形成一层药膜，使病菌不能被侵染。此类杀菌剂对气流传播病菌尤为有效，如用波尔多液防治多种作物的霜霉病；对植物种子或幼苗进行处理，以防治种传病害的侵染，如酮拌种防治禾谷类黑穗病。

铲除性杀菌剂 该类杀菌剂对病原菌有直接强烈杀伤作用，但生长期植物对这类药剂不耐受，因此只能在播种前用于土壤的处理、植物休眠期或者种苗的处理。

治疗性杀菌剂 在作物感病以后，可用一些非内吸杀菌剂，如硫磺直接杀死病菌，或用具有内渗作用的杀菌剂渗入到植物组织内部，杀死病菌，或用内吸杀菌剂直接进入植物体内，随着植物体液运输传导而起治疗作用。

抗病激活剂 这类杀菌剂通过识别病原菌而诱导作物全株抗病，不能直接呈现杀菌活性，而是在使用几天后的较长时间予以抗病，故不易产生抗性。